咸水鳄雌性大约在10-12岁时达到性成熟。雄性要到16岁才达到性成熟。咸水鳄交配季节在5-6月之间，因应地区而定：泰国品种在7-8月产卵，爪哇品种甚至可在2月见到鳄卵。雄性咸水鳄们常常在繁殖季节展开领土保卫战，它们会先摆出作战的姿势，然后用头猛烈顶撞对方。如果这个战术不管用，它们就会用嘴互相撕咬，直到把对手的下巴咬烂才肯罢休。当然，最后胜利者将会赢得和雌性交配的权利。雄性以身躯压在雌性背上，前肢抓紧雌鳄不放，用尾绕着雌性后段，进行交配，持续数小时之久。

咸水鳄利用腐草在淡水江河边的林荫丘陵营巢（距海6万米以上），以尾扫出一个7-8米的平台，台上建有直径3米的安放鳄卵的巢，巢距河约4米，以树叶丛荫构成，每巢有白色钙壳卵20-90枚左右，卵径80毫米×55毫米。在卵的孵化期间，母鳄会一直守在巢旁，并时不时用尾巴往卵蛋上洒水以保持卵蛋的温度，保持30-33℃的温度，孵化75-90天。雏鳄出壳长240毫米，1年可达480毫米，3年可达1156毫米，重5.2千克。