在生殖季节，雌鱼背部黑白相间的条纹会变得更为明显，腹部很突出；而雄鱼背部黑白条纹不明显或消失，腹部也较小。网箱养殖的军曹鱼性成熟年龄在南海约为2龄，性成熟最小体重雄鱼约7千克，雌鱼约8千克。该鱼卵粒较小，相对繁殖力为160粒/克。

在自然海区，军曹鱼为多次产卵类型的鱼类，生殖期较长，在美国东海岸北墨西哥湾海域，4-10月均可发现有成熟的鱼。在中国台湾南部，2月底至5月为产卵高峰期，往后有零星产卵，直至10月。产卵适宜水温为24-29℃。 广东湛江地区4月下旬至6月上旬为主要产卵期。军曹鱼受精卵透明略带淡黄色，圆形，浮性。受精卵膜吸水后略膨胀，卵径1.35-1.41毫米，油球径约0.39毫米。每千克卵约50万粒。质较差的卵不透明，浮性不佳，卵腹腔不明显。孵化时间随水温变化而变化，水温24-26℃时，约30小时开始孵化破膜，水温28-30℃时，约22小时开始孵化出膜。